آیت‌ا... سیدمحمد خامنه‌ای، با هدف تحقیق و پژوهش در امور فرهنگی، بویژه فلسفه و حکمت اسلامی، در سال ۱۳۷۳ به تأسیس بنیاد حکمت اسلامی صدرا همت گمارد و فعالیت‌های علمی خود را در آن بنیاد متمرکز ساخت. ایشان علاوه‌بر فعالیت‌های علمی و پژوهشی در زمینه فلسفه و عرفان اسلامی (گرایش مكتب ملاصدرا)، در حوزه‌های حقوق اسلامی و فقه، جامعه‌شناسی، فلسفه و حقوق زن، فلسفه برای كودكان و نوجوانان آثاری را بصورت تألیف، ترجمه و تصحیح منتشر ساخته و بیش از ۱۰۰ مقاله علمی در موضوعات گوناگون در همایش ها، جراید و رسانه‌های ارتباط جمعی نشر داده است. آیت‌ا... سیدمحمد خامنه‌ای همچنین در دانشگاه هایی همچون علامه طباطبایی، روابط بین الملل (وزارت امور خارجه)، الزهرا(س) و دانشگاه آزاد اسلامی به كار تدریس همت گمارده‌اند.

وكالت پایه یك دعاوی دادگستری (در دهه پنجاه) ، عضو مجلس خبرگان رهبری ، نمایندگی مجلس شورای اسلامی (برای دو دوره) و ریاست کمیسیون حقوقی و قضایی و چند کمیسیون موقت دیگر مجلس ، صاحب امتیازی و سردبیری مجله «مسائل ایران» (در دهه شصت) ، ریاست انجمن بین‌المللی ملاصدرا، صاحب امتیازی و مدیرمسئولی مجله فلسفی ـ تخصصی «خردنامه صدرا»، مدیر مسئولی مجله فلسفی ـ تخصصی «تاریخ فلسفه»، رئیس خانه حكمت و فلسفه ایران، رئیس انجمن علمی تاریخ فلسفه ایران و عضویت در مؤسسه گفتگوی بین ادیان از دیگر فعالیت‌های علمی ـ پژوهشی ایشان (در دهه‌های هفتاد تا نود) است.

همچنین بنا بر اذعان صاحب‌نظران و کارشناسان حوزه تاریخ و فرهنگ ایران، یکی از شخصیت‌های آگاه و آشنا به تاریخ تحولات فرهنگی و علمی ایران‌زمین می‌باشد،ایشان در سال‌های اخیر،به مطالعات و پژوهش‌های عالمانه‌ای در زمینه تاریخ و اندیشه فلسفی و حکمی ایرانیان، به ویژه ایرانیان قبل از اسلام پرداخته‌اند.

آثار، نوشته‌ها و سخنرانی‌های ایشان در این زمینه فراوان است و از آن جمله می‌توان به پژوهش‌های ایشان درباب حکمت و فلسفه در ایران پیش از اسلام اشاره كرد که در قالب کتاب «سیر حکمت در ایران و جهان» منتشر شده است. بنابر نظر ایشان، ملل ایران قدیم، چه دولت‌های آریایی و چه دولت‌های بومی ایرانی، (همچون: عیلامی‌ها، کاسپین‌ها و یا تمدن‌های مانایی و نیز در نواحی مرکزی، کاشان و کرمان)، همگی پایه گذار فرهنگ غنی، تولید فلسفه و علم و هنر و نوعاً مروج توحید و اخلاق بوده‌اند و روحانیون آن زمان از بزرگترین دانشمندان علوم مختلف و فیلسوفان عصر محسوب می‌شدند. ایشان از جمله افرادی است که اعتقاد به صدور فلسفه و تمدن و دانش از ایران باستان به یونان دارد و ایران را پایه گذار فلسفه و دانش در جهان می‌داند. آیت‌ا... سیدمحمد خامنه‌ای در هفدهم تیرماه ۱۳۹۲ با حکم رئیس جمهوری وقت، به مدت چهار سال به سمت ریاست بنیاد ایران‌شناسی منصوب شد.

• حكمت متعالیه و ملاصدرا (۱۳۸۳)- به زبان‌های فارسی، انگلیسی، عربی، چینی، کره‌ای
• فلسفه زن بودن (۱۳۸۵)-به زبان‌های فارسی,عربی,انگلیسی
• سیر حكمت در ایران و جهان (۱۳۸۰)- به زبان‌های فارسی،عربی,انگلیسی,بلغاری
• ملاصدرا؛ زندگی، شخصیت و مكتب صدرالمتألهین (۱۳۷۹)- به زبان‌های فارسی، انگلیسی
• میرداماد (۱۳۸۴)
• روح و نفس (۱۳۸۴)
• ملاصدرا، هرمنوتیك و فهم کلام الهی (۱۳۸۵)- به زبان‌های فارسی، انگلیسی
• انسان در گذرگاه هستی، جلد اول (۱۳۸۶)-به زبان‌های فارسی, انگلیسی
• انسان در گذرگاه هستی، جلد دوم (۱۳۸۶)-به زبان‌های فارسی, انگلیسی
• انسان در گذرگاه هستی، جلد سوم (۱۳۹۰)-به زبان‌های فارسی, انگلیسی
• امام علی(ع) و صلح جهانی، فارسی (۱۳۹۰)
• امام علی(ع) و صلح جهانی، انگلیسی (۱۳۸۸)
• ویژگی‌های جهان بینی اسلامی(۱۳۸۸)
• القواعد الفقهیه فی الاحادیث الكاظمیه علیه السلام،عربی (۱۳۸۴)
• خداشناسی (۱۳۸۱)
• اقطاع و حقوق تقسیم اراضی دولتی (۱۳۸۳)
• علم قاضی (۱۳۸۲)- به زبان فارسی
• علم قاضی (۱۳۸۴)- به زبان عربی
• بیمه در حقوق اسلام (۱۳۸۱)
• فریاد جرس، وصیتنامه امیرالمؤمنین امام علی بن‌ابی‌طالب علیه السلام(۱۳۸۶)
• مالكیت عمومی (۱۳۸۶)
• حقوق و جزای عمومی (۱۳۸۹)
• «قرآن و حقایقی پیرامون آن» بضمیمه: نگاهی به تفسیر ملاصدرا (۱۳۹۱)
• انسان در گذرگاه هستی جلد۴ (۱۳۹۲)
• زخمه ها و نغمه ها: مجموعه مصاحبه های آیت الله سید محمد خامنه‌ای (۱۳۹۲)
• چون شمع (مجموعه سرمقاله های خردنامه صدرا) (۱۳۹۲)
• زندگی، شخصیت و مکتب صدرالمتالهین (۱۳۹۴)
• تاریخ جامع فلسفه (مقدمه) (۱۳۹۷)

• ادراک‌ حسی
• ارسطو
• اسفار اربعه در حکمت متعالیه
• الهیات از نظر صدرالمتالهین و جایگاه کنونی آن
• انسان سالم در حکمت عملی
• پلورالیزم سیاسی و اجتماعی
• جایگاه حکمت عملی در جهان معاصر
• جهانی‌سازی و موانع و دو راهی‌های آن
• حدوث دهری و حکمت متعالیه ملاصدرا
• حکمت متعالیه ملاصدرا
• حکمت و فلسفه اسلامی
• خلاقیت / خلافت انسان در فلسفه و عرفان اسلامی
• خورشید دوباره‌ از مشرق‌ طلوع‌ خواهد کرد
• رابطه زبان و هستی
• رسالت فیلسوف در دنیای معاصر
• روح افلاطونی در فلسفه ملاصدرا
• زمان و زمانی
• سیاست و حکمت متعالیه
• عقب ماندگی مسلمین
• علامه طباطبائی و مجلسی و حدیث عقل و نقل
• فلسفه نقد و نقد فلسفی
• فلسفه اسلامی و فرهنگ چینی
• فهم کلام خدا در مکتب ملاصدرا
• متافیزیک و ماهیت مرگ
• محقق نراقی و مسئله حدوث دهری عالم
• مسئله اعجاز و کرامت
• مسئلهٴ شناخت در فلسفهٴ اسلامی
• نبوت و رسالت
• نفس انسان
• نقش فلسفه و رسالت فیلسوف
• هنر دینی
• وجود مطلق‌